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伊藤 孝司 : 遺伝性リソソーム病の病態解明と治療法開発, 康楽賞, 徳島大学, 2015年1月.
北風 圭介, 伊藤 孝司 : ***, 平成27年度康楽賞, 徳島大学, 2016年1月.
日高 朋, 伊藤 孝司 : ***, 日本薬学会第136年会優秀発表賞, 日本薬学会, 2016年3月.
渡邊 綾佑, 伊藤 孝司 : ***, 日本薬学会第137年回優秀発表賞, 日本薬学会, 2017年3月.
伊藤 孝司 : ベーリンガーインゲルハイム イノベーションプライズ2nd prize, ベーリンガーインゲルハイム, 2018年12月.
辻 大輔 : 中枢神経症状を呈するリソソーム病の病態解析及び治療法開発, 康楽賞, 財団法人康楽会, 2019年2月.
大西 恭弥, 伊藤 孝司 : GM2ガングリオシドーシスに対する，AAVベクターを用いた遺伝子治療法開発, 日本薬学会第139年会 学生優秀発表賞, 日本薬学会, 2019年4月.
田中 裕大, 伊藤 孝司 : リソソーム性分解酵素の遺伝的欠損に起因するオートファジーの異常とそのメカニズム解析, 第54回日本生化学会中国・四国支部例会 学術奨励特別賞, 日本生化学会中国・四国支部, 2019年5月.
月本 準, 伊藤 孝司 : ヒトノイラミニダーゼ1の細胞内結晶化抑制とNEU1欠損症治療への応用, 第54回日本生化学会中国・四国支部例会 学術奨励賞, 日本生化学会中国・四国支部, 2019年5月.
月本 準, 伊藤 孝司 : ヒトノイラミニダーゼ1の細胞内結晶化抑制とNEU1欠損症遺伝子治療, 第18回次世代を担う若手ファーマ・バイオフォーラム 優秀発表賞, 次世代を担う若手ファーマ・バイオフォーラム, 2019年9月.
月本 準, 伊藤 孝司 : 未来博士3分間コンペティション2019 マイクロン賞, 未来を拓く地方協奏プラットフォーム運営協議会事務局, 2019年9月.
月本 準, 伊藤 孝司 : ヒトノイラミニダーゼ1の細胞内結晶化の抑制とリソソーム蓄積症治療への応用, 第92回日本生化学会大会 若手優秀発表賞, 日本生化学会, 2019年9月.