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伊藤 孝司, 櫻庭 均, 辻 大輔 : ヒトβ-ヘキソサミニダーゼBの基質特異性を変換し，且つ，プロテアーゼ 抵抗性を付与した新規高機能酵素, 特願PCT/JP2013/078179 (2013年10月), 特開2014-542171 (2013年10月), 特許第2014-542171号 (2013年10月).
伊藤 孝司, 西岡 宗一郎, 松崎 祐二, 飯野 健太, 瀬筒 秀樹, 小林 功 : マンノース-6-リン酸基含有糖蛋白質の製造方法，及び蛍光基結合型マンノース-6-リン酸基含有糖蛋白質の細胞内分布を検出する方法, 特願PCT/JP2017/13322 (2017年3月), .
伊藤 孝司, 辻 大輔, 村松 慎一, 浅井 克仁 : テイーサックス病及びサンドホッフ病治療用の新規アデノ随伴ウイルスビリオン テイーサックス病及びサンドホッフ病のin vivo遺伝子治療用の改変型Hex鎖遺伝子搭載AAV-modHEXBベクター,  (2018年1月), 特許第2018-011705号.
中山 淳, 寺町 順平, 安倍 正博, 難波 康祐, 伊藤 孝司, 辻 大輔 : 新規イノン化合物及びその用途,  (2018年10月), 特許第2018-203219号 (2018年10月).
伊藤 孝司, 月本 準 : 改変ノイラミニダーゼ,  (2019年7月), 特許第2019-126376号 (2019年7月).
中山 淳, 寺町 順平, 安倍 正博, 難波 康祐, 伊藤 孝司, 辻 大輔 : 新規イノン化合物及びその用途,  (2019年10月), 特許第PCT/JP2019/042086号 (2019年10月).
伊藤 孝司, 月本 準 : 改変ノイラミニダーゼ,  (2020年7月), 特許第PCT/JP2020/026174号.
伊藤 孝司, 木下 崇司, 三谷 藍 : ライソゾームを標的とした新規DDSの開発,  (2021年10月), 特許第2021-178052(2021-000120)号.
伊藤 孝司, 木下 崇司, 三谷 藍 : ライソゾームを標的とした新規DDSの開発,  (2021年12月), 特許第PCT/JP2021/048780号.