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辻 大輔 : Sandhoff病モデルマウス由来オリゴデンドロサイト前駆細胞の単離及び蓄積糖質解析, 第47回生化学会中四国支部例会学術奨励賞, 第47回生化学会中四国支部例会, 2006年5月.
辻 大輔 : 若手研究者学長賞, 徳島大学, 2010年11月.
辻 大輔 : 中枢神経症状を伴う先天性代謝異常症における病態解析及び治療法開発, 平成23年度日本薬学会中国四国支部奨励賞, 日本薬学会中国四国支部, 2011年11月.
辻 大輔 : Tay-Sachs病患者由来iPS細胞の樹立と分化神経系細胞に対する酵素補充効果の検討, 若手優秀演題賞, 日本先天代謝異常学会, 2012年11月.
伊藤 孝司 : 遺伝性リソソーム病の病態解明と治療法開発, 康楽賞, 徳島大学, 2015年1月.
北風 圭介, 伊藤 孝司 : ***, 平成27年度康楽賞, 徳島大学, 2016年1月.
日高 朋, 伊藤 孝司 : ***, 日本薬学会第136年会優秀発表賞, 日本薬学会, 2016年3月.
渡邊 綾佑, 伊藤 孝司 : ***, 日本薬学会第137年回優秀発表賞, 日本薬学会, 2017年3月.
伊藤 孝司 : ベーリンガーインゲルハイム イノベーションプライズ2nd prize, ベーリンガーインゲルハイム, 2018年12月.
辻 大輔 : 中枢神経症状を呈するリソソーム病の病態解析及び治療法開発, 康楽賞, 財団法人康楽会, 2019年2月.
大西 恭弥, 伊藤 孝司 : GM2ガングリオシドーシスに対する，AAVベクターを用いた遺伝子治療法開発, 日本薬学会第139年会 学生優秀発表賞, 日本薬学会, 2019年4月.
田中 裕大, 伊藤 孝司 : リソソーム性分解酵素の遺伝的欠損に起因するオートファジーの異常とそのメカニズム解析, 第54回日本生化学会中国・四国支部例会 学術奨励特別賞, 日本生化学会中国・四国支部, 2019年5月.
月本 準, 伊藤 孝司 : ヒトノイラミニダーゼ1の細胞内結晶化抑制とNEU1欠損症治療への応用, 第54回日本生化学会中国・四国支部例会 学術奨励賞, 日本生化学会中国・四国支部, 2019年5月.
月本 準, 伊藤 孝司 : ヒトノイラミニダーゼ1の細胞内結晶化抑制とNEU1欠損症遺伝子治療, 第18回次世代を担う若手ファーマ・バイオフォーラム 優秀発表賞, 次世代を担う若手ファーマ・バイオフォーラム, 2019年9月.
月本 準, 伊藤 孝司 : 未来博士3分間コンペティション2019 マイクロン賞, 未来を拓く地方協奏プラットフォーム運営協議会事務局, 2019年9月.
月本 準, 伊藤 孝司 : ヒトノイラミニダーゼ1の細胞内結晶化の抑制とリソソーム蓄積症治療への応用, 第92回日本生化学会大会 若手優秀発表賞, 日本生化学会, 2019年9月.