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重永 章 : 刺激応答型アミノ酸を利用した核―細胞質シャトルペプチドの開発, 第二回年会ポスター賞, 日本ケミカルバイオロジー研究会, 2007年5月.
重永 章 : 徳島大学若手研究者学長賞, 徳島大学, 2010年11月.
重永 章 : 刺激応答型アミノ酸の開発とケミカルバイオロジー分野への展開, 日本薬学会中国四国支部奨励賞, 日本薬学会中国四国支部, 2011年11月.
大髙 章 : 情報発信型人工タンパク質創製に向けた有機・生物有機化学的挑戦, 有機合成化学協会アステラス製薬・生命有機化学賞, 公益社団法人有機合成化学協会, 2012年2月.
重永 章 : 刺激応答型アミノ酸の開発とペプチド機能制御への展開, 日本ペプチド学会奨励賞, 日本ペプチド学会, 2012年11月.
重永 章 : 生細胞内での標的タンパク質選択的ラベル化を可能とするin cellラベル化試薬の開発, 武田薬品工業研究企画賞, 社団法人 有機合成化学協会, 2013年2月.
傳田 将也 : JPS Travel Award, 日本ペプチド学会, Apr. 2015.
津田 雄介 : JPS Travel Award, 日本ペプチド学会, Apr. 2015.
傳田 将也 : 優秀講演賞, 第47回若手ペプチド夏の勉強会, 2015年8月.
丸尾 慎之輔 : 優秀討論賞, 第47回若手ペプチド夏の勉強会, 2015年8月.
宮島 凛 : 若手口頭発表優秀賞, 日本ペプチド学会第52回ペプチド討論会, 2015年11月.
宮島 凛 : 学生表彰, 徳島大学, 2016年3月.
重永 章 : アミド結合切断反応を基盤とした生命科学指向型 ツールの開発, 日本薬学会化学系薬学部会賞, 日本薬学会化学系薬学部会, 2017年11月.
大髙 章 : 康楽賞, 公益財団法人康楽会, 2018年2月.
重永 章 : 康楽賞, 公益財団法人康楽会, 2020年2月.
大髙 章 : 自然に学ぶペプチド・タンパク質化学の開拓, 2022年度日本薬学会学会賞, 日本薬学会, 2022年4月.
大髙 章 : 副反応を起点とするペプチド・タンパク質化学の開拓, 2023年度日本ペプチド学会学会賞, 日本ペプチド学会, 2023年7月.