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藤本 憲市 : 平成21年電子・情報・システム部門大会企画賞, 電気学会, 2010年9月.
藤本 憲市 : 康楽賞, 財団法人 三木康楽会, 2011年1月.
藤本 憲市 : 徳島大学医学部優秀教育賞, 医学部, 2013年3月.
山口 雄作, 藤本 憲市, 吉永 哲哉 : 第104回日本医学物理学会優秀研究賞, 日本医学物理学会, 2012年9月.
藤本 憲市 : 徳島大学若手研究者学長賞, 徳島大学, 2012年11月.